Endre søk
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Evaluation of clustering methods for analyzing drug cytokine profiles
Karlstads universitet, Fakulteten för humaniora och samhällsvetenskap (from 2013), Handelshögskolan.
2017 (engelsk)Independent thesis Basic level (degree of Bachelor), 10 poäng / 15 hpOppgaveAlternativ tittel
Utvärdering av olika klustringsmetoder för läkemedelsdata (svensk)
Abstract [sv]

Huvudsyftet med denna studie var att utvärdera olika klustringsmetoder för att analysera data hämtade från en läkemedelsstudie där cytokinprofiler hade genererats från 23 olika läkemedel. Hierarkisk klustring användes eftersom antal kluster inte var förutbestämt. Olika distansmått och s.k. länkfunktioner utvärderades för hierarkisk klustring. Utvärderingen av de olika distansmåtten visade att Pearsons korrelationskoefficient lämpade sig bäst vid klustring av de olika läkemedlen eftersom likheter i mönster var viktigare än de faktiska mätvärdena. Även fyra länkfunktioner för att slå samman kluster utvärderades. Den länkfunktion som beräknade medelavståndet mellan objektens kluster visade sig vara den optimala metoden baserat på robusthet och korrelation mellan avstånden i dendrogramet och avstånden i distansmatrisen. Genom att använda hierarkisk klustring baserat på Pearsons korrelationskoefficient och medelavstånd så kunde ett antal intressanta läkemedelsgrupper identifieras. De s.k. JAK-inhibitorerna grupperades i ett distinkt kluster medan calcineurin inhibitorerna återfanns i ett robust kluster tillsammans med proteinkinasinhibitorer. Denna studie visar att klustring av läkemedel baserat på cytokinprofiler kan erbjuda viktig information som beslutstöd för framtida projekt inom läkemedelsutveckling, samt att avstånd baserade på Pearsons korrelationskoefficient och att en länkfunktion som beräknar medelavstånd lämpar sig bäst för den här typen av data.  

Abstract [en]

The aim of this study was to evaluate different hierarchical clustering techniques for data obtained from a study where cytokine profiles had been generated for 23 different drugs. Both distance metrics and linkage functions were evaluated. The evaluation of the distance metrics showed that the Pearson correlation coefficient was the most appropriate distance metric since similarity in patterns of the profiles was more important than similarity based on the actual values. Out of the four evaluated linkage functions: single, complete, average and Ward’s, the average linkage function was the best clustering method based on the cophenetic correlation and the bootstrap probability value. Using the Pearson correlation clustering with the average linkage function, the JAK inhibitors were successfully clustered and the calcineurin inhibitors were found in a robust cluster together with protein kinase inhibitors. This study indicates that cytokine profiles from drugs may provide valuable information where similar drugs can be found in the same clusters. In addition, the study shows that the Pearson correlation coefficient and the average linkage functions were the most appropriate distance metric and linkage function, respectively, for this type of data.

sted, utgiver, år, opplag, sider
2017.
Emneord [en]
clustering, cytokines, profile
HSV kategori
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kau:diva-64242OAI: oai:DiVA.org:kau-64242DiVA, id: diva2:1145108
Eksternt samarbeid
Redoxis AB
Fag / kurs
Statistics
Veileder
Examiner
Tilgjengelig fra: 2017-10-04 Laget: 2017-09-28 Sist oppdatert: 2017-10-16bibliografisk kontrollert

Open Access i DiVA

fulltext(671 kB)65 nedlastinger
Filinformasjon
Fil FULLTEXT01.pdfFilstørrelse 671 kBChecksum SHA-512
6001530561a3e451817eb90176e42a859e083e4cab9f4997ab76c3b42d84bd85ba55127a7948eee700aa9ab1c846bcf15faad1be6ab0ac0437223a7229418cf8
Type fulltextMimetype application/pdf

Av organisasjonen

Søk utenfor DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 65 nedlastinger
Antall nedlastinger er summen av alle nedlastinger av alle fulltekster. Det kan for eksempel være tidligere versjoner som er ikke lenger tilgjengelige

urn-nbn

Altmetric

urn-nbn
Totalt: 132 treff
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf